短小芽孢杆菌胶原蛋白酶基因cola的克隆及序列分析

doi:10.3969/j.issn.1000-2650.2011.04.015

四川农业大学学报 ›› 2011, Vol. 29 ›› Issue (04): 524-527.doi: 10.3969/j.issn.1000-2650.2011.04.015

短小芽孢杆菌胶原蛋白酶基因col_a的克隆及序列分析

赵海霞, 赵培培, 吴小峰, 陈惠, 吴琦

四川农业大学生命科学与理学院, 四川雅安 625014

收稿日期:2011-08-09 出版日期:2011-12-31 发布日期:2017-04-12
作者简介:赵海霞,硕士,讲师,研究方向分子生物学,E-mail:zhaohaixia197708@163.com。
基金资助:
四川农业大学"双支"计划

Cloning and Sequence Analysis of Collagenase Gene Col_a from Bacillus pumilus Col-J

ZHAO Hai-xia, ZHAO Pei-pei, WU Xiao-feng, CHEN Hui, WU Qi

College of Biology and Science, Sichuan Agricultural University, Yaan 625014, Sichuan, China

Received:2011-08-09 Online:2011-12-31 Published:2017-04-12

摘要/Abstract

摘要： 根据芽孢杆菌(Bacillus)胶原蛋白酶基因序列保守区域设计一对兼并引物,采用PCR法获得胶原蛋白酶产生菌短小芽孢杆菌(B. pumilus)Col-J株胶原蛋白酶基因保守片段。序列分析表明,该片段与枯草芽孢杆菌(B. subtilis)基因组序列AL009126中编码胶原蛋白酶基因序列高度同源。参考该序列,获得了短小芽孢杆菌Col-J株胶原蛋白酶基因全长开放阅读框序列。序列分析及生物信息学分析表明,该基因长930bp,推测为编码含309个氨基酸残基的胶原蛋白酶基因col_a,理论分子量47.63kDa,为非分泌性蛋白,仅有1个潜在的N-糖基化位点,密码子使用具有明显的偏爱性。

关键词: 短小芽孢杆菌, 胶原蛋白酶, 基因克隆, 序列分析

Abstract: According to the conserved regions of Bacillus collagenase gene, a pair of degenerate primer was designed to amplify collagenase gene fragment from B. pumilus strain Col-J with collagenolytic activity.Sequence analysis showed that the fragment sequence was highly homologous to a sequence encoding collagenase in the genome of B. subtilis AL009126 in GenBank.Based on the sequence, the collagenase gene full-length open reading frame col_a was obtained from B. pumilus Col-J strain.Sequence and bioinformatics analysis showed that it was 930 bp in length, presumably encoded a collagenase with 309 amino acid residues with 47.63 kDa theoretically.Furthermore, its encoding protein was a non-secreted protein with only one potential N-glycosylation site, and showed a strong usage bias.

Key words: Bacillus pumilus, collagenase, gene cloning, sequence analysis

中图分类号:

赵海霞, 赵培培, 吴小峰, 陈惠, 吴琦. 短小芽孢杆菌胶原蛋白酶基因col_a的克隆及序列分析[J]. 四川农业大学学报, 2011, 29(04): 524-527.

ZHAO Hai-xia, ZHAO Pei-pei, WU Xiao-feng, CHEN Hui, WU Qi. Cloning and Sequence Analysis of Collagenase Gene Col_a from Bacillus pumilus Col-J[J]. jsau, 2011, 29(04): 524-527.

[1]	王梦, 周靖宣, 占思远, 王林杰, 李利, 张红平, 仲涛. 山羊EDNRA基因编码区克隆与组织表达规律分析[J]. 四川农业大学学报, 2019, 37(06): 852-859.
[2]	陈潇潇, 罗红艳, 顾真琪, 陈世品, 曹光球, 曹世江. 油茶CoFAD2-1基因的克隆、亚细胞定位及组织表达[J]. 四川农业大学学报, 2019, 37(04): 475-480.
[3]	刘裕峰, 朱天辉, 刘应高, 谯天敏, 李姝江, 龙旭梅, 韩珊. 板栗过氧化氢酶基因CmCAT的克隆与原核表达[J]. 四川农业大学学报, 2019, 37(02): 168-176.
[4]	姚攀锋, 吕兵兵, 李琪, 董玘鑫, 王安虎, 吴琦. 苦荞转录因子基因FtMYC的克隆及其表达与花青素积累的相关性分析[J]. 四川农业大学学报, 2019, 37(01): 8-14.
[5]	刘柄良, 杨琳, 付凤玲, 李晚忱, 张君诚, 于好强. 金线莲辣椒红素/玉红素合成酶基因CCS的克隆及表达模式分析[J]. 四川农业大学学报, 2019, 37(01): 22-27.
[6]	阳明贤, 左之才, 李碧, 王宇. 牛抵抗素克隆及高效可溶性表达研究[J]. 四川农业大学学报, 2018, 36(06): 802-807.
[7]	李青青, 张润敏, 石冠蓝, 姚攀锋, 王晓丽, 李成磊. 苦荞黄酮醇合酶基因FtFLS4的克隆及其在大肠杆菌的表达[J]. 四川农业大学学报, 2018, 36(05): 611-617.
[8]	竭航, 陈彬龙, 吴楠, 李地艳, 雷美艳, 张承露, 曾德军. 梅花鹿LHβ基因的克隆及序列分析[J]. 四川农业大学学报, 2015, 33(04): 441-446.
[9]	张烨, 赵术珍, 王江山, 夏晗, 侯蕾, 任丽, 王兴军. 花生光敏色素AhphyA和AhphyB基因的克隆及原核表达研究[J]. 四川农业大学学报, 2015, 33(01): 13-21.
[10]	赵海霞, 白悦辰, 陈惠, 吴琦. 5份金荞麦核糖体基因内转录间隔区(ITS)序列分析[J]. 四川农业大学学报, 2011, 29(03): 299-303.
[11]	徐黎黎, 钟美玉, 李伟, 魏育明. 阿拉拉特小麦高分子量谷蛋白新基因1Gy的克隆及序列分析[J]. 四川农业大学学报, 2011, 29(02): 141-146.
[12]	白悦辰, 陶亮, 蒙华, 李成磊, 陈惠, 吴琦. 苦荞转录因子基因FtMYB1的克隆及序列分析[J]. 四川农业大学学报, 2011, 29(01): 16-21.
[13]	杨帆, 颜泽洪, 代寿芬, 韩畅, 胡喜贵. 新麦草(Psathyrostachys juncea)两个高分子量谷蛋白亚基基因上游序列的克隆与分析[J]. 四川农业大学学报, 2010, 28(04): 397-402.
[14]	代寿芬, 颜泽洪. 簇毛麦低分子量谷蛋白基因克隆及序列分析[J]. 四川农业大学学报, 2010, 28(02): 119-124.
[15]	曾艳, 孙建光, 王敏, 陈强, 高俊莲. 一株高抗镉细菌KCd1的分离鉴定及其抗性基因初步研究[J]. 四川农业大学学报, 2010, 28(01): 46-51.

短小芽孢杆菌胶原蛋白酶基因col_a的克隆及序列分析

Cloning and Sequence Analysis of Collagenase Gene Col_a from Bacillus pumilus Col-J

PDF (PC)

赞

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

Metrics

本文评价

推荐阅读 0

短小芽孢杆菌胶原蛋白酶基因cola的克隆及序列分析

Cloning and Sequence Analysis of Collagenase Gene Cola from Bacillus pumilus Col-J

PDF (PC)

赞

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

Metrics

本文评价

推荐阅读 0

短小芽孢杆菌胶原蛋白酶基因col_a的克隆及序列分析

Cloning and Sequence Analysis of Collagenase Gene Col_a from Bacillus pumilus Col-J