基于GWAS的西瓜种子性状候选QTL鉴定

doi:10.16036/j.issn.1000-2650.2021.06.003

四川农业大学学报 ›› 2021, Vol. 39 ›› Issue (6): 721-728.doi: 10.16036/j.issn.1000-2650.2021.06.003

基于GWAS的西瓜种子性状候选QTL鉴定

高美玲^1,2, 胡创然¹, 袁成志¹, 郭宇¹, 刘秀杰³, 刘继秀³, 高越³

1.齐齐哈尔大学生命科学与农林学院,黑龙江齐齐哈尔 161006;
2.黑龙江省抗性基因工程与寒地生物多样性保护重点实验室,黑龙江齐齐哈尔 161006;
3.齐齐哈尔市园艺研究所,黑龙江齐齐哈尔 161006

收稿日期:2020-12-24 出版日期:2021-12-30 发布日期:2021-12-31
作者简介:高美玲,博士,教授,主要从事瓜类作物分子育种及遗传改良研究,E-mail：gaomeiling0539@163.com。
基金资助:
国家自然科学基金项目(31772334、31972437); 黑龙江省省属高等学校基本科研业务费科研项目(135209106); 黑龙江省自然科学基金项目(LC2018015); 齐齐哈尔大学研究生创新科研项目（YJSCX2019048）

Identification of Candidate QTL for Watermelon Seed Traits Based on GWAS

GAO Meiling^1,2, HU Chuangran¹, YUAN Chengzhi¹, GUO Yu¹, LIU Xiujie³, LIU Jixiu³, GAO Yue³

1. College of Life Science,Agriculture and Forestry,Qiqihar University,Qiqihar 161006,Heilongjiang,China;
2. Heilongjiang Province Key Laboratory of Resistance Gene Engineering and Preservation of Biodiversity in Cold Areas,Qiqihar 161006,Heilongjiang,China;
3. Qiqihar Horticultural Research Institute,Qiqihar 161006,Heilongjiang,China

Received:2020-12-24 Online:2021-12-30 Published:2021-12-31

摘要/Abstract

摘要： 【目的】为探究控制西瓜种子大小的遗传机制。【方法】以144份纯合西瓜种质为试材,对多环境下种子大小相关性状进行多样性指数分析、相关性分析和全基因组关联分析。【结果】144份种质资源种子长度、种子宽度与种子百粒重两两之间均呈极显著正相关;多样性指数分别为4.69、4.78和4.80;全基因组关联分析检测到3个过阈值的QTL区域,分别位于4、7和10号染色体上,其中位于7号染色体上的种子大小性状相关QTL区域在多次环境中均被检测到。【结论】西瓜种子大小是复杂的数量性状,其QTL在多个染色体上均有分布。

关键词: 西瓜种子, 全基因组关联分析, 数量性状位点

Abstract: 【Objective】 To explore the genetic mechanism controlling the seed size of watermelon. 【Method】 Using 144 homozygous watermelon germplasms as test materials, the diversity index analysis,correlation analysis and genome-wide association analysis of seed size-related traits in multiple environments were carried out. 【Result】 There was a significant positive correlation between seed length,seed width and 100-seed weight of 144 germplasm resources; the diversity indexes were 4.69,4.78 and 4.80, respectively; the whole-genome association analysis detected 3 threshold values,the QTL regions of are located on chromosomes 4, 7 and 10,respectively. The QTL regions related to seed size traits on chromosome 7 have been detected in multiple environments. 【Conclusion】 Watermelon seed size is a complex quantitative trait,and its QTL is distributed on multiple chromosomes.

Key words: watermelon seed, genome-wide association analysis, quantitative trait locus

中图分类号:

S651

高美玲, 胡创然, 袁成志, 郭宇, 刘秀杰, 刘继秀, 高越. 基于GWAS的西瓜种子性状候选QTL鉴定[J]. 四川农业大学学报, 2021, 39(6): 721-728.

GAO Meiling, HU Chuangran, YUAN Chengzhi, GUO Yu, LIU Xiujie, LIU Jixiu, GAO Yue. Identification of Candidate QTL for Watermelon Seed Traits Based on GWAS[J]. Journal of Sichuan Agricultural University, 2021, 39(6): 721-728.

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